在将BCM5241 PHY芯片更改为ADI AIN1200后，ECAT端口1输出不正常的原因可能有以下几点：

1. 兼容性问题：BCM5241和ADI AIN1200虽然都是以太网物理层芯片，但它们可能在某些方面存在兼容性问题。这可能导致ECAT端口1的输出不正常。

2. 配置问题：更换PHY芯片后，可能需要重新配置ECAT端口1的相关参数。请检查是否已经正确配置了AIN1200芯片的相关参数。

3. 固件问题：BCM5241和AIN1200的固件可能有所不同。请确保您的固件支持AIN1200芯片，并已正确更新。

4. 硬件连接问题：请检查ECAT端口1与AIN1200芯片之间的硬件连接是否正确。任何不良的连接都可能导致输出不正常。

5. 电源问题：请确保AIN1200芯片的电源供应正常，以避免因电源问题导致的输出不正常。

为了解决这个问题，您可以尝试以下步骤：

1. 检查AIN1200芯片的兼容性，确保它与您的系统兼容。

2. 重新配置ECAT端口1的相关参数，以适应AIN1200芯片。

3. 更新固件，确保它支持AIN1200芯片。

4. 检查硬件连接，确保ECAT端口1与AIN1200芯片之间的连接正确无误。

5. 检查电源供应，确保AIN1200芯片的电源正常。