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1、FPGADIY活动是一个长期的活动，先举行ALTERA 的FPGA DIY活动，后续会推出XILINX的DIY活动，为什么开始不选用XILINX的FPGA，原因如下：a、考虑成本问题，XILINX的下载器比较贵，现在市面上山寨的下载器也需要200左右（后续可以考虑开展个Xilinx Platform Cable USB 的DIY活动 ），而ALTERA的下载器50元就可以买到。b、ALTERA的大学计划做得好，中文资料多一些，目前学校中同学应该玩ALTERA FPGA的比较多，ALTERA 开发工具Quartus II比ISE容易上手。
2、至于IP核方面，两个公司的IP数量都差不多，XILINX有的，一般ALTERA也有。
3、至于下载方式，ALTERA也可以只用一个JTAG口，通过JTAG口下载JIC文件可以同样配置EPCS，一般为了方便都选用两个下载口JTAG和ASP，具体怎么用根据实际需要。说到下载配置，我觉得还是ALTERA的配置方式更方便一些吧，XILINX的需要手动生成各种格式的配置文件如.MCS文件，而且下载设置也很繁琐，如果在没有熟悉人的指导下，也得需要几个小时才能完全搞明白各种配置方式。
4、至于NIOS，本人不建议初学者学习，因为FPGA，逻辑设计才是精髓，学好了逻辑设计，打好了基础，根据项目需要再选择是否需要学习NIOS也不晚，目前来说因为NIOS性能和速度的问题，实际项目中用NIOS也非常少。
不知道我的回答是否解决了你的疑问？
最后结合自身经历，谈谈ALTERA和XILINX的FPGA，我在学校初学FPGA时接触的是ALTERA的FPGA，也是因为大学计划的缘故，学校有ALTERA的联合实验室，在学校用了两年ALTERA的FPGA，后来工作后接触了XILINX的FPGA，至今一直在用XILINX的FPGA，目前项目中在用XILINX的高端V6系列的片子。在中低端市场ALTERA的FPGA用的比较多，高端市场XILINX的FPGA用的比较多。其实我觉得只要FPGA基础打好了，从ALTERA转到XILINX，或者从XILINX转到ALTERA都很简单，因为FPGA设计流程是一样的，许多东西都是相通的，只是花些时间熟悉下开发工具就可以了。在学校如果在时间和精力都允许的情况下都接触一下也比较好。