mSATA接口与mini PCI-E接口的外观相同，并且物理引脚相容。但并不能直接互通使用。这给不少人带来了疑惑。有朋友买了mSATA SSD回来却发现安装后无法识别SSD。
mSATA的接口外观上虽然与mini PCI-E完全一样，但是数据信号需要连接到SATA控制器，而非PCI-E控制器上，二者因此不能兼容。大多数主板的此类接口只能使用其中一种功能。
要实现一个接口同时兼容mSATA与mini PCI-E，需要使用PCI-Express/SATA路由芯片来解决。这个芯片本质上就是一个双向多路复用器，以NXP CBTL02042芯片为例：
mSATA和mini PCI-E接口有着相同的外形和类似的引脚分配。CBTL02042通过第43针脚来识别当前插入到插槽中的是mSATA设备还是mini PCI-E设备：mini PCI-E设备的第43针被定义为no connect未连接，而mSATA的第43针定义是GND地线。
识别设备类型后，路由芯片就能够将接口导通到对应的通道，从而实现了一个接口兼容mSATA与mini PCI-E两种设备的目的。目前来看这是最完美的解决方案。
市面上提供mini PCI-E/mSATA插槽的主板大致分为4类：
只提供mini PCI-E:
多数主板属于此类。mini PCI-E接口主要就是用于安装无线网卡，提供板载Wifi功能。
技嘉GA-H77N WIFI提供了一个mini PCI-E插槽，搭配安装半高规格的无线网卡。
只提供mSATA:
技嘉的GA-B75-D3V，提供了一个mSATA插槽，专门用于mSATA SSD。
同时提供mini PCI-E与mSATA接口:
华擎Z77E-ITX同时具备mSATA(背面)与mini PIC-E(正面)插槽
正面的mini PCI-E插槽，用于安装无线网卡（附送）。
背面的mSATA插槽，用于安装mSATA接口的SSD(非标配):
双向多路复用，同时兼容mSATA/mini PCI-E：
微星Z77IA-E53
能够同时兼容半高与全高规格的设备：
总结
由于mSATA接口需要复用主板的SATA接口，目前多数主板的mSATA接口为3Gbps规格(SATA2.0)。6Gbps(SATA3.0)速率的mSATA更多的出现在笔记本上。
mSATA SSD的大小约为51mm*30mm，为全高mini PCI-E卡的长度。
mini PCI-E无线网卡多数为半高规格，约为27mm*30mm。当然了，也不能排除有Intel 3945这类全高规格的，不过半高规格还是占据了多数。
mSATA与mini PCI-E接口的外观相同，安装位的规格可以作为判断接口类型的一个参考。半高位的基本可以肯定是用来安装无线网卡的mini PCI-E插槽；而要判定插槽为mSATA，除了安装位需要是全高规格以外，最好还是查一下主板厂商的资料进行一下确认。多数支持mSATA的主板会进行明确的标注，而如果没有相关信息，则该插槽很可能是mini PCI-E标准的。
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