AT91RM9200管理PA，PB，PC，PD四个PIO，每个PIO都可以被设置工作在GPIO或者外设I/O状态下，但是要注意，要使能某个引脚的GPIO功能时，不能和该引脚的外设I/O功能发生冲突，只能使其工作在一个特定的状态下。
1。配置PIO工作在GPIO模式
以PB0为例，如果要使其工作在GPIO模式，则首先要使能PIO控制器，设置：
*(AT91C_PIOB_PER)=0x1;
然后或者把PB0作为输出，或者作为输入。如果作为输出口，设置：
*(AT91C_PIOB_OER)=0x1;
向使能为输出口的PB0写入一个数，设置：
*(AT91C_PIOB_SODR)=0x1；//写入1
*(AT91C_PIOB_CODR)=0x1;//写入 0
如果要把PB0作为输入口，则配置：
*(AT91C_PMC_PCER)|=0x1 << AT91C_ID_PIOB;//Enable PIOB MCK
*(AT91C_PIOB_ODR)=0x1; //Enable PB0 Input
很多用户忽略了上面的设置，结果读不到口的状态，如果使能了外设时钟，则读端口状态设置：
int status;
status=*(AT91C_PIOB_PDSR)&0x01;
status反映了当前PB0口的电平，即status=0或1；
以上的过程就是如何配置一个I/O口作为通用I/O来使用。
2。配置PIO工作在外设I/O模式
仍以PB0为例，如果要使PB0工作在外设A模式或者B模式下，首先要禁止PIO控制器，设置：
*(AT91C_PIOB_PDR)=0x1;
如果要设置PB0为A功能，即TF0，则设置：
*(AT91C_PIOB_ASR)=0x1;
如果要设置PB0为B功能，即RTS3，则设置：
*(AT91C_PIOB_BSR)=0x1;
这时，PB0就不再受PIO控制器的管理而工作在外设引脚模式下了。
必须指出：AT91RM9200的所有外设引脚在使用之前必须进行步骤2的设置，否则该引脚无法使用。