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用FFT进行谱分析的纵坐标的值一般情况下没有多大意义，一般看信噪比就行了！
你第一个程序有一些问题，如下：

Fs=4096;
nfft=1024;         %2^n
N=1024;
n=0:1/Fs:1;                      %产生1*4097向量
x=sin(2*pi*100*n);        %sin(0)=0
X=fft(x,nfft);                      %对4097个点进行1024点FFT变换，会截断为1024个点
mag1=abs(X)*2/N;
F1=(0:N-1)*Fs/N;   %真实频率
figure,plot(F1(1:N/2),mag1(1:N/2)); %绘出Nyquist频率之前的振幅
Pxx=abs(X).^2/length(n);   %求解PSD   %既然是进行1024点FFT变换，为什么除的是4097呢
t=0:round(nfft/2-1);     %
f=t*Fs/nfft;
P=10*log10(Pxx(t+1));   %纵坐标的单位为dB
figure;plot(f,P);


可见，你对4097个点进行1024点FFT变换，截断后为1024个点，由于第一个点为0，所以实际相当于对1023个点进行1024点FFT变换。FFT变换会出现频谱扩散，即离散的谱线会展宽。谱分辨率为：F=Fs/N=4096/1023不为整数，FFT相当于对连续频谱的采样，谱分辨率不为整数，从而不会采样到离散谱线（实际已展宽）的峰值。故FFT出来的纵坐标是不能表征功率的。