同步通信的时钟同步可以通过以下几种方式实现：

1. 硬件实现：使用专门的时钟同步电路或者同步器件，将两个设备的时钟信号进行同步。这通常涉及一些硬件设计和电路布局，以确保时钟信号的准确同步。

2. 软件实现：通过通信协议和同步算法来实现时钟同步。这通常涉及在通信协议中定义一些特殊的同步消息或者同步命令，设备在通信开始之前相互交换并进行时钟同步操作。

如果两个设备的通信时钟恰好是正交的，那么需要通过一些机制来解决这种情况。一种方法是在通信协议中定义一个时钟同步的握手过程，使得主设备和从设备能够通过握手信号来确定谁来等待时钟同步，谁来启动通信。另一种方法是引入额外的时钟同步信号来解决时钟同步问题。

在时钟同步握手过程中的1/4个周期可能会影响其他正常功能的运行，因此需要合理设计协议和算法，以尽量减少对其他功能的影响。这可以通过合理的时序设计、优化算法等方式来实现。一般来说，这种影响应该是可控的，并且不应该对通信和设备的正常功能产生显著的影响。