“1、屏蔽层的接法是接地效果好还是接到信号的参考电平 0V 上好？”
接地是标准做法，如果，你的地本身没有问题的话，这也是最好的做法。不过，就我见过的现场，地对于信号来说，通常是干扰源。接0V，是一种无奈的做法。
“2、屏蔽层是两端都接地好还是单端接地好？”
高频信号（比如编码器信号）两端接地，如果不能保证两边没有电位差，那么，单端接地也是不得以的做法。
“3、现在很多工厂都把三相电源的零线和地线接在一起，这种接法是否合理？”
除了省一跟线以外，就没有合理的地方了。三相电可能是平衡的，但不太可能每个瞬时都是平衡的。