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JTAG是一个通信标准，用于计算机和单片机进行实时快速通讯。
AVR 的JTAG功能（只有部分型号才有）使得AVR的调试工作非常简单，可以通过JTAG 接口对Flash、EEPROM、熔丝位和锁定位进行编程。
使用AVR studio软件和JTAG硬件（ AVR JTAG编程器，AVR JTAG仿真器）可以进行程序下载（编程）和程序在线调试。
JTAG接口有四个引脚。以JTAG的术语来说，这些引脚组成了测试访问端口TAP。这些引脚是：
TMS：测试模式选择。此引脚用来实现TAP 控制器各个状态之间的切换。
TCK：测试时钟。JTAG 操作是与TCK 同步的。
TDI： 测试数据输入--需要移位到指令寄存器或数据寄存器(扫描链)的串行输入数据。

TDO：测试数据输出-- 自指令寄存器或数据寄存器串行移出的数据。

ISP是一种通用的程序下载方式，AVR单片机都有ISP下载接口。可以通过ISP下载线或者STK500把程序下载到单片机中。 
ISP下载线成本低廉，制作简单，一个并口ISP下载线只需几十元即可得到。开发工具成本低也是AVR单片机的优势之一。JTAG与ISP的区别和联系 
单片机中。都能对芯片的熔丝位和锁定位进行编程。JTAG调试与普通软件仿真的区别和联系 
单片机运行，不是全真的环境，很多时候会出现偏差甚至错误。而用JTAG在线调试，程序本身在单片机内运行，完全真实的硬件环境，更准确的反映程序运行的实际情况，有助于大型程序的调试。