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主ADC转换错误可能有几种可能的原因：

1. ADC输入电压超过了ADC的量程，导致转换错误。在使用主ADC时，ADuC7060的输入电压量程一般为0V至 VDD，如果输入电压超出这个范围，就会导致转换错误。

2. ADC参考电压有问题，导致转换错误。ADC的参考电压是用来确定输入电压对应的转换值的基准，如果参考电压有问题（例如电压不稳定或电压异常），就会导致转换错误。

3. ADC输入电压与其他模拟信号有干扰。如果ADC输入电压与其他电源或信号线有干扰，也可能导致转换错误。

4. 主ADC本身有故障。如果主ADC本身出现问题，例如损坏或其他硬件故障，也可能导致转换错误。

由于你修改了电路，并且某些通道的输入电压达到了-0.35V，这可能是导致问题的原因之一。-0.35V的输入电压超出了ADuC7060主ADC的输入电压量程，可能导致主ADC出现故障。建议你检查电路修改后的连接和输入电压范围，确认是否超出了主ADC的限制。

另外，你也可以进行一些进一步的排查和测试，例如检查ADC参考电压的稳定性，通过测量其他通道的输入电压来验证主ADC是否正常工作等。

最好的方法是参考ADuC7060的数据手册和应用笔记，了解主ADC的工作原理和限制，并检查和确认你的电路设计是否符合要求。如果问题仍然存在，可能需要联系ADuC7060的技术支持人员进行进一步的故障排查和解决方案。