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要在IFX ConfigWizard中更改文件夹/文件夹结构，可能需要通过以下步骤进行清理存储库：

1. 将ConfigWizard从IAR Workbench中解绑，以确保没有进程正在使用该工具。

2. 手动删除ConfigWizard生成的文件和文件夹，包括创建的文件夹结构。

3. 通过Git命令或Git客户端，将存储库还原到之前的状态，以恢复原始的文件和文件夹结构。

4. 确保Git存储库中不再包含与ConfigWizard相关的文件和文件夹。

5. 重新构建和配置Git存储库，以适应您的需求，可能需要创建新的文件夹结构。

6. 确定在IAR Workbench中重新配置ConfigWizard的方式，以便正确引用您的新文件夹结构。