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根据提供的信息，问题可能出在ADC电压参考（AVDD）供电不足，导致ADC不能正常转换。
（AVDD必须和VDD电压一样）
在前面的供电环境下（AVDD为3.3V），当ADC输入悬空时，ADC转换结果是最大值0xFFF。这可能是因为ADC的参考电压没有达到正常的范围，导致ADC无法正确地将输入电压转换为数字值。万用表测量到ADC输入端口有3.9V可能是因为ADC没有正常地工作，导致输入端口的电压与实际情况不符。

当将AVDD改为5V供电时，差分输入转换正常工作，同时万用表测量到ADC输入端口为0.7V左右，这符合预期的情况。

根据手册提供的信息，AVDD输入范围是3V~5.5V之间，所以3.3V的电压在范围内。然而，根据您的描述，目前的供电环境下（AVDD为3.3V）ADC无法正常工作。这可能是因为在实际情况下，3.3V的AVDD电压并不能提供足够的参考电压。

为了解决这个问题，可以尝试以下方法：
1. 确保AVDD电源的稳定性：检查AVDD供电电源的稳定性和噪声情况。使用示波器检测AVDD电源的纹波情况。
2. 考虑增加AVDD的供电电压：如果可能的话，尝试将AVDD电压提高到5V，以确保ADC能够正常工作。
3. 检查其他供电电源：确保其他供电电源（如VDD）都正常工作，并提供足够的电源给ADC芯片。