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你的问题在于，没有打开保护寄存器。你仔细看看硬件手册，是不是在和时钟相关的寄存器(CM0, CM1, OCD, HRA0, HRA1)说明都有一个“注1”。必须将PRCR的位0置1。
瑞萨R8C的单片机复位后就是使用内部的时钟。
因此，如果复位后就初始化的话，使用以下代码：
VOID   InitClock( )
{
    prc0 = 1;    //打开和时钟相关的保护寄存器
    cm06 = 0;  //CPU时钟不分频（因为CM16和CM17复位后默认为0）
    hra00 = 1;  //启动高速时钟
    hra01 = 1;  //使用高速时钟
    prc0 = 0;    //关闭保护
}

如果不是复位后使用：
VOID   InitClock( )
{
    prc0 = 1;    //打开和时钟相关的保护寄存器
    cm16 = 0;  //CPU时钟不分频
    cm17 = 0;
    cm06 = 0;  //使用CM16和CM17设定的分频比
    hra00 = 1;  //启动高速时钟
    ocd2 = 1;   //使用片内时钟 
    hra01 = 1;  //使用高速时钟
    prc0 = 0;    //关闭保护
}

谢谢管理员，我是使用内部时钟作为主时钟的（也就是您说的后者），加了句cm05=1（主时钟停止，使用p4.6和p4.7作为输入端口使用）

各位好，我的这个程序内部晶振工作了吗?
有个弱智问题，如果晶振不工作，I/0口是不是也不能用的？

各位大哥，帮帮忙啊。万分感激。
void ClockInit(void)
{
 cm05=1;
 prc0 = 1;    //打开和时钟相关的保护寄存器
 //cm05=1;       //主时钟停止，使用p4.6和p4.7作为输入端口使用
    cm16 = 0;  //CPU时钟不分频
    cm17 = 0;
    cm06 = 0;  //使用CM16和CM17设定的分频比
    hra00 = 1;  //启动高速时钟
    ocd2 = 1;   //使用片内时钟
    hra01 = 1;  //使用高速时钟
    prc0 = 0;    //关闭保护
}

内部晶振貌似开启了，可延时程序一直进不去是怎么回事？

我的延时程序：
void delay(unsigned int time)
{
 for (i=0;i<time;i++)
 {
     asm("nop");
     asm("nop");
  asm("nop");
     asm("nop");
  asm("nop");
     asm("nop");
      asm("nop");
   asm("nop");
 }
}
调试时，能进去，但是我执行这段程序时，用   
for(i=0;i<1000;i++)
   {
    delay(10000);
   }
按理，我使用内部8M时钟，这里应该是10s，可结果是一秒不到就过了。。。问题出在哪？
在线等，谢谢大哥们了。。。

请问什么叫做进不去？
首先，还有就是你的延时程序中使用的"i”是那里定义的？全局变量么？
建议修改：
void delay(unsigned int time)
{

 for (i=0;i<time;i++)
 {
     asm("nop");
     asm("nop");
  asm("nop");
     asm("nop");
  asm("nop");
     asm("nop");
      asm("nop");
   asm("nop");
 }

请问什么叫做进不去？
首先，还有就是你的延时程序中使用的"i”是那里定义的？全局变量么？
建议修改：
void delay(unsigned int time)
{  

     for (i=0;i<time;i++)
 {
     asm("nop");
     asm("nop");
  asm("nop");
     asm("nop");
  asm("nop");
     asm("nop");
      asm("nop");
   asm("nop");
 }

不好意思，没有写完，不小心使用了TAB键，结果一回车就发出去了。

请问什么叫做进不去？
首先，还有就是你的延时程序中使用的"i”是那里定义的？全局变量?
你的问题就出在这里。
你外面使用了一个for循环，里面也有一个for循环，致命的是这两个for循环的计数变量都是"i"。这会互相影响的。
for( i = 0; i < 1000; i ++ )
{
    /* delay 函数展开 */
    for( i = 0; i < 10000; i ++ )
    {
    }
    /* 当着个for循环完成的时候，i已经是10000了，由于>1000这个时候外面的循环就不进行了 */
}

建议修改：
void delay(unsigned int time)
{ 
    while(time --)
   {
      asm("nop");
      asm("nop");
      asm("nop");
      asm("nop");
      asm("nop");
      asm("nop");
      asm("nop");
      asm("nop");
   }
 }
其次关于你的时钟切换有隐患：
任何时候切换时钟，一定要先保证启动准备使用的时钟，再切换，最后再关闭原来的时钟。比如你的程序中的cm05 = 1这一句就应该放到切换完成后。

此外，你的这段程序我觉得也要稍稍修改一些
void ClockInit(void)
{
 cm05=1;   // 没有解除保护位，这一位是无效的，况且在没有开启其他时钟的时候，不能停掉主时钟，否则CPU时钟就停止了
 prc0 = 1;    //打开和时钟相关的保护寄存器
 //cm05=1;       //主时钟停止，使用p4.6和p4.7作为输入端口使用
    cm16 = 0;  //CPU时钟不分频
    cm17 = 0;
    cm06 = 0;  //使用CM16和CM17设定的分频比
    hra00 = 1;  //启动高速时钟
    ocd2 = 1;   //使用片内时钟
    hra01 = 1;  //使用高速时钟
    prc0 = 0;    //关闭保护
}
建议这样改一下
void ClockInit(void)
{
    prc0 = 1;    //解除与时钟相关的保护寄存器
    hra00 = 1;  //启动高速时钟
    delay();      //你的延时程序
    hra01 = 1;  //使用高速时钟
    cm16 = 0;  //CPU时钟不分频
    cm17 = 0;
    cm06 = 0;  //使用CM16和CM17设定的分频比
    ocd2 = 1;   //使用片内时钟 
    cm05 = 1; // 主时钟停止
    prc0 = 0;    //开启保护
}